关键词:DNA提取, 分子生物学实验, 基因, 核酸理化性质、仪器选择, 实验步骤, 试剂推荐
前言
20世纪50年代以后,随着分子遗传学的发展,尤其是沃森和克里克提出DNA的双螺旋结构以后,人们才真正认识了基因的本质,即基因是具有遗传效应的DNA片段。
随着“人类基因组计划”测序的完成,人们不再满足于对基因结构的认知,逐渐转向对功能基因组学、蛋白质组学的研究上,DNA作为遗传的基本单位发挥着重要作用。
基于不同的研究目的,大部分的分子实验都需要制备高质量的DNA,用于各种各样的后续实验。例如,通过PCR获得目的基因、酶切、克隆、连接、转化、转染、研究DNA和蛋白的相互作用等。因此核酸的提取是分子生物学实验技术中最重要,也是最基本的操作。
在应用上,提取的DNA可用千基因组作图、进化分析、模式生物体的基因敲除、转基因的研究。在分子医学领域,制备DNA的基因检测可用千法医鉴定、亲子鉴定、遗传病早期检测、感染疾病检测、肿瘤的诊断和预测、产前诊断和新生儿筛查等。
一、DNA提取需了解的三个知识点
1)DNA基础知识
细胞内的核酸包括DNA与RNA两种分子,均与蛋白质结合成核蛋白。
真核生物的DNA分为染色体DNA(双链线性)与细胞器DNA(双链环状)。
在原核生物中还有质粒DNA(双链环状);在非细胞型病毒颗粒内,DNA存在的形式却多种多样。
2)提取DNA总则
保证核酸一级结构的完整性;
其他生物大分子的污染应降低到最低程度;
样品中不应存在对酶有抑制作用的有机溶剂和过高浓度的金属离子;
应尽量去除其他核酸分子,如RNA。
3)核酸的理化性质
极性化合物,溶于水,不溶于乙醇、氯仿等有机溶剂,钠盐比游离核酸易溶于水。
在酸性溶液中,DNA、RNA易水解,在中性或弱碱性溶液中较稳定。
天然状态的DNA是以脱氧核糖核蛋白(DNP)形式存在于细胞核中。
二、血块中DNA提取的操作步骤
a) 取15ml的研磨器,加入血块样本后,再加入4-5ml的溶血试剂,研磨至血块消失后再研磨2-3min,然后移入到15ml离心管中;3000rpm,离心10min。
b) 离心结束后,弃去上层液后,加入8-10ml的溶血试剂,使用一次性滴管将沉淀吹打均匀;3000rpm,离心10min。
c) 待离心结束后,弃去上层液,再加入1ml溶血试剂,使用微呈移液器将沉淀吹打均匀,转移至2ml的EP管中;6000rpm,离心10min。
d) 弃去上清液,加入1ml细胞裂解液,将沉淀震荡均匀后,每个离心管加入10ul的蛋白酶k(20mg/ml),37°C恒温水浴过夜,或者是56°C水浴3小时。
e) 水浴结束后,在通风橱内,每管加入1ml(等体积)平衡酚,上下颠倒混匀50次后,6000rpm,离心10min。离心结束后,吸取上清与另一个2mlEP管(水相含有DNA,白色絮状物为蛋白)。
f) 重复步骤5
g) 吸取上清与一个2mlEP管,然后加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1)I上下颠倒混匀50次,6000rpm,离心10min。
h) 吸取上清液与另一个1.5mlEP管中,加入100ul3MNaAc(ph=5)轻轻混匀后,再加入等体积预冷(-20℃)的异丙醇,上下颠倒混匀150次,混匀时的动作要轻柔,混匀结束后可见白色的絮状物(即为DNA),10000rpm,离心5min。
i) 弃去上清液,加入350-500ul无水乙醇,轻轻振洗,然后10000rpm,离心5min,(如在去除酒精的时候,DNA沉淀有悬浮,可以加大离心的转速),将酒精倒掉,把EP管放在通风橱中风干。(一般约两小时即可,如没有完全风干,可以适当的延长时间)。
j) 待DNA风干后,加入TE100ul,在4°C冰箱中存放约十天后,使用紫外分光计检测DNA的浓度和纯度,依据所测浓度稀释分装,分装完成后将三种液体置于-20"C的冰箱中保存备用。
三、所用器材
虹科高速离心机
虹科涡旋振荡器
烘箱
冰箱
虹科水浴锅
微量移液器10ul.100ul.1000ul.
虹科高压灭菌锅
离心管:15ml、2ml、1.5ml、1.0ml、0.5ml
一次性塑料滴管
15ml玻璃研磨器
四、所需试剂
溶血试剂,细胞裂解液,蛋白酶-K。
平衡酚,氯仿/异戊醇,醋酸钠,异丙醇,无水乙醇,TE缓冲液。
10%SDS、1M NaCI、0.5M EDTA、lM Trisbase-Hcl
十二浣基硫酸钠(SDS)
三经甲基氨基甲浣(Tris)
乙二胺四乙酸(EDTA)、蔗糖、MgCl2
曲拉通X-100:辛基苯基聚氧乙烯醚
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